FastQCFastQC Report
Tue 11 Oct 2022
MHCK7_codebook_S59_R2_001.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameMHCK7_codebook_S59_R2_001.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TATAATAGCCAGTATGATATCCACTACTGAAAGATCGAAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
TCATAAGTAAAAACCACAGAAAACTAAACAAATATACATTATGATACCCA14.166666666666666No Hit
AAACGGGCACAACGCACCGGAAGCTTACCGACTTTCAGTGGTGGTGCAGA14.166666666666666No Hit
TAACACGGCCAACGCACCGCCAGCTTACCGTCAGTTTGTGGTGGTGCAGA14.166666666666666No Hit
AAAAAAAGACAGTAAAATAACCACATTTACAAAATAGTAATATACACATC14.166666666666666No Hit
ATACAAAGACACTAACATAGCCACTTGTAGTAGATCGGAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
TATATGGAAACGACCCGAGGGAACTCAGGGTCAGTGGAGGAATACAAAAA14.166666666666666No Hit
CATAATAGACACTATGATAGCCACTTTTCATAGATCGGAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
GATCTAGTAAAAACCAGAGCAAACTAACCATCAATAGGGACTTAAAAAAA14.166666666666666No Hit
TCACGTGGACAGGGCACCGGAAGCTTACCCTTTTCTCTAGGTGGTGCAGA14.166666666666666No Hit
TAAAATACACAAAAAAAAAAAAACTTCCATTAAAAACCAAAACAAAAAAA14.166666666666666No Hit
AAAATTACACAGTATGAAAGCCACTTCTTAAAGATCGGAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
AATAATAGACAATTATAAAAAAACTTAACAAACATCCAAAGAGCTTCATT14.166666666666666No Hit
GGCTCTGGGCTGGGCACGGGCTGCTTACAGGAGACGTCGGTATATCAGCA14.166666666666666No Hit
CTTAGGGGACACCGCACCGACAGCTTACCGGTGGCTAATGGTGGTGCAGA14.166666666666666No Hit
TCATATGCACAAAATGAAAACCACTTCACCCAGATCGGAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
GGTAATGGACAATATTAAATAAACTTAAATAACAACGTAAGATCGTCCTG14.166666666666666No Hit
CGGCACGAAAAAACCACGGAAACCTAAATCTCATAATAGAAATAAATAAA14.166666666666666No Hit
ACTCATCAAAACACCACCGAAAAATAAACTAAACAAGAAACAATTAAAGA14.166666666666666No Hit
TATATTACACAATATGATAGCCACTAATTTGAGATCGGAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
TTTATAGGACATTTAAATAAAGTATTTCATAATTTCCTCTACAGATAATT14.166666666666666No Hit
GGTGGGGGACAGCGCACGGTAAGCTTACCAGAGCTGGAAGGTGGTGCAGA14.166666666666666No Hit
AGTGTGGCCCATTATGATAGACACTTGAAGCAGATCGGAAGAGCGTCGTG14.166666666666666No Hit
ATCCCCGGCCAGGGCACCGTAAGCTTACCCTCATAAGTGGGTGGTGCAGA14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.4)