FastQCFastQC Report
Tue 11 Oct 2022
MHCK7_codebook_S59_R1_001.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameMHCK7_codebook_S59_R1_001.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length101
%GC45

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TGTCATAGTGGCTATCATACTCGATATTATCAGCCGACCGACATTAGCGC14.166666666666666No Hit
ACTAAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTATTATCAGACTCGCCTCAATAGCGC14.166666666666666No Hit
CGTACAAGAGTCTATCATACTGTCTATTAGAATCTTTCGAACGGCACGAG14.166666666666666No Hit
GAATGAATTTACTAAAAAAAATCATATTATCAGACGCAGACCAAACTGGA14.166666666666666No Hit
ATCAAAAATATAAATCAAAAATGATATTATAAGTTCGTAATATATGACGA14.166666666666666No Hit
CATGGAATTGGAAATAAAAATCAATATTATAAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
ACAACAACACTCTATCAAACACACAAAGGATAGATCGGAAGACACACCTC14.166666666666666No Hit
AATGGTATTGTAAATAATAAAGGATATTATCAGGTGGAAAAAACCCACAT14.166666666666666No Hit
GGGTGAATACTCAATAAAACTGAACATATGAAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
CATATTACAGCCTATCAAACTGACACTTATAAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
TATTTAAAATTATAAAAAAAAAAACATAACCAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
GGGGGGGACAATCGCTGCGTCAATGGTGGGGGGGGGGTGGGGGGGGGGGG14.166666666666666No Hit
GCTTCAAGTGTCTATCATACTGGACCACACTAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
CATCACAGATCATATCATAATAAACCCAGAAAGATCGGAAGAGCACAGTC14.166666666666666No Hit
TTCAGTACTGGCTATCATACTCGCTATTATAAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
GACAGCAGAGCCAAACATACAGGATATTATCAGGGGAGAATTTCGATCGC14.166666666666666No Hit
ATGAAAAGACGCTATCAAACAGGCTATTATGAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
ATAAAAACACCAAATCATAAACCAAAAGGTTAGATCGGAAGAGCACACGT14.166666666666666No Hit
CTAATTATTGTATATCATAATATCTATTATCAGGTGAGCAAGGGCGAGGA14.166666666666666No Hit
GATTGTATAGGCAATCAAAAAGGCTATTATCAGGTGAGCAAGGGCGAGGA14.166666666666666No Hit
ATATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATTATACAGTGATACCGAGCGCTCC14.166666666666666No Hit
TATTAGACAGTATAAAAAAAAACATATTATCAGGTGAGCAAGGGCGAGGA14.166666666666666No Hit
CAAACAAAAAAAAAAAAAAATACATATTATCAGCGTAAGCTGCACTTGCC14.166666666666666No Hit
ATAGCTAGTGGCTATCATACTGGGTATTATAACCACTTCTCCTGTATGAT14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.4)